改制重组中处理员工劳动关系需以法律为基础，结合地方政策妥善操作以避免纠纷。依据《劳动合同法》，企业分立、合并或股权变更时，原劳动合同由承继方履行，若需变更需与员工协商一致；协商解除合同需按工作年限支付经济补偿（每满1年1个月工资），并履行职代会审议安置方案等民主程序，方案需报人社部门备案。

处理流程上，先制定包含安置方式、补偿标准、社保接续等内容的方案，经职工代表大会通过后实施。涉及劳动合同主体变更的，需与员工签订变更协议；员工拒绝变更且无法协商的，企业可依法解除但需支付补偿。经济补偿应一次性支付，欠缴社保需从净资产中提留补缴，同时及时办理社保转移和档案管理手续。

对工伤员工、孕期哺乳期员工等特殊群体需差异化处理。工伤员工按伤残等级保留或解除劳动关系并支付相应补助；“三期”员工不得随意调岗或解除合同，合同期满自动延续至哺乳期结束。风险防控方面，需确保方案合法合规，保留职代会决议、补偿支付凭证等文件，引入协商或第三方调解机制化解争议，避免程序瑕疵引发仲裁或诉讼。