工程验收不合格后，监理单位应在24小时内签发《工程整改通知书》，明确不合格项的整改要求及期限，施工单位需立即暂停相关工序并分析缺陷成因，编制包含修复方案、材料替换清单及工期调整计划的整改报告提交建设单位审核，若问题涉及设计或材料质量，需联合相关单位共同排查责任。整改过程中，施工单位需按方案落实修复措施并记录过程（如影像、检测数据），涉及主体结构安全的缺陷需通过专家论证并动态监测，若因发包方提供的材料或设备问题导致不合格，由发包方承担修复费用。

整改完成后，施工单位向建设单位提交重新验收申请，建设单位组织原验收组或第三方检测机构复查，重点核查修复质量是否符合要求，合格后签署《工程竣工验收报告》，仍不合格则进入后续处理程序。若工程经两次以上整改仍未通过验收，建设单位可依据法律及合同扣除质量保证金、要求赔偿损失，或解除合同并要求施工单位撤离现场，对无法修复或修复成本过高的工程可组织拆除重建，费用由责任方承担。

若双方对责任认定或处理方案存在争议，可通过行业协会调解、仲裁或诉讼解决，需提交验收记录、整改报告等证据，涉及公共安全的工程需向住建部门报告，监管部门可实施行政处罚。特殊情形下，若合同无效，修复合格后发包人需支付工程款（扣除修复费），不合格则承包人无权主张价款；发包人擅自使用工程的，除地基基础和主体结构问题外，其他缺陷责任自行承担；部分地区如安徽省明确返修费用由责任单位承担，未经验收或不合格的市政设施不得交付使用。实际操作中建议在合同中明确验收标准及违约责任，通过区块链技术固化证据，重大工程可引入保险机制转移风险。

以上是关于工程验收不合格后续处理流程是什么？的相关回答，若未解决您的问题，请您详细描述遇到的法律纠纷点与需求点，萤火法务平台专业律师将为你1对1解答，给你详细的解决方案。