跨境知识产权保护面临着多重复杂难题。首先是法律体系差异与规则冲突，不同国家和地区在实体法上存在显著差异，如商标权取得的“注册在先”与“使用在先”原则冲突，专利保护范围（如部分国家不保护软件专利）和期限不同，著作权自动保护原则与登记制并存等；程序法上也存在司法管辖争议、证据规则和诉讼程序的差异，导致侵权判定和维权程序复杂多样。 

地域壁垒与高昂的维权成本也是突出问题。跨国取证需依赖境外律师或调查公司，费用高且耗时长，电子证据还面临易篡改和保全困难的问题；发达国家高昂的律师费让中小企业难以承受，多法域诉讼更使成本倍增，而判决的承认与执行依赖有限的国际条约，部分国家审查严格或执行不力，导致维权成果难以落实。  

跨境电商与数字技术带来了新挑战。电商平台责任认定标准不一，海外仓、独立站等售假渠道隐蔽，追溯侵权主体困难；境外盗版网站、AI生成内容侵权等数字侵权行为频发，标准必要专利纠纷涉及多国禁令交叉执行，进一步加剧了保护难度。 

 文化与商业习惯差异也不容忽视。部分地区“山寨经济”盛行，对知识产权保护认知不足，商业标识近似纠纷因语言、审美差异难以界定；平行进口因不同国家对“权利用尽原则”的解释不同，导致“水货”销售的侵权认定存在争议，增加了跨境市场的合规风险。  

国际协调机制的不完善与政治因素的影响使问题雪上加霜。多边合作机制效率有限，发展中国家与发达国家在知识产权保护标准上分歧明显，发达国家还常将知识产权作为贸易摩擦和技术封锁的工具，通过单边机制施压，使跨境知识产权保护面临更多非法律因素的干扰。

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